・手裏剣戦隊ニンニンジャーパズルゲームは全42ステージです。
・ステージ毎に「敵の数」「敵の種類」「敵の体力」「パネルの種類」「ゲーム時間」が変化します。
・ステージが進むにつれて難易度がアップします。
・同じ色のパネルを縦または横に並べると敵の体力が減ります。
・全ての敵の体力をゼロにすると勝ちです。
・時間内に全ての敵の体力をゼロにできなければ負けです。

・同じ色のパネルを縦または横に３つ以上並べるとパネルが消えます。
・同じ色のパネルを縦または横に４つ以上並べると武器パネルが出現します
・五トン忍シュリケンをタップするとスペシャル攻撃発動します。
・五トン忍シュリケンはそれぞれに対応したスペシャル攻撃が発動します。
　火の術：横一列全消去
　水の術：縦一列全消去
　木の術：ランダムに６～７パネル消去
　金の術：五トン忍シュリケンの周りのパネルを消去
　土の術：特定の色のパネルを別の色に変更

・パネルを消すと敵に10×消した列の数のダメージが加わります。

・パネルを連鎖で消すとダメージボーナスが加わります。
　２連鎖：ダメージ2倍
　３連鎖：ダメージ4倍
　４連鎖：ダメージ7倍
　５連鎖：ダメージ11倍
・スペシャル攻撃発動で敵に100ダメージ。
　※土の術の五トン忍シュリケンは特定の色のパネルを別の色に変更するためダメージなしです。