「夢の忍者ランド」で、伝説の忍者たちと握手!?ニンニンジャーのもとに届けられた招待状。天晴たち６人は、ウキウキ気分で出発した。しかし、彼らが乗ったのは、なんと「妖怪烈車」！妖怪ワニュウドウが作り出すまぼろしによって、６人はそれぞれ、奇妙な世界へと迷い込んでしまう。そんなとき、彼らを助けにやって来たのは、かつて世界を闇で包もうとした悪の路線・シャドーラインを倒した、あの烈車戦隊トッキュウジャーだった。彼らによれば、ニンニンジャーが招待されたのは、「夢の忍者ランド」ではなく「闇忍者ランド」。シャドーラインの生き残りで、大の忍者マニアである闇博士マーブロが、伝説の忍者の「闇クローン」を作るため、ニンニンジャーをおびき出したのである。逃げ切れず、捕らえられてしまった天晴＝アカニンジャーは、闇のオーラに包まれ、そこからハイブリッド忍者「闇アカニンジャー」が生まれた！忍タリティを吸収された天晴は、このままでは消滅してしまう……。マーブロ、ワニュウドウ、さらに闇アカニンジャーが加わった強敵チームに、ニンニンジャー＆トッキュウジャーはどう立ち向かう？そして、風前の灯となった天晴の命は!?２大スーパー戦隊よ、忍タリティ×イマジネーションで、悪の闇を吹き飛ばせ！