キャンプ場で、地球の自然を満喫していた動物戦隊ジュウオウジャーの前に、忍者装束の若者たちが現れた。 彼らこそ、かつて妖怪たちから地球を守るために戦っていた、39代目のスーパー戦隊、手裏剣戦隊ニンニンジャーだ。 なぜか、ジュウオウジャーのことを妖怪だと信じて疑わないニンニンジャーは、本気で彼らを倒そうと、攻撃を仕掛けてくる。 だが、そこへ突然、ひとりの少年が現れた。彼の名は伊賀崎快晴。 なんと、快晴は未来からやって来た、アカニンジャー=伊賀崎天晴の息子だという。 しかも快晴によれば、このジュウオウジャーとニンニンジャーの戦いがきっかけで、長く続いてきたスーパー戦隊の歴史が終わってしまったのだという。快晴は、それを阻止するために、伊賀崎流忍法・タイムワープの術で、父が生きていた過去を訪れたのだった。 ジュウオウイーグル=風切大和と天晴は、快晴の言葉を信じ、2大スーパー戦隊の戦いを止めようとする。だが、悪の陰謀によって、今や両者の激突は避けられない状況となっていた。 必殺技の相討ちによる大爆発で、大和と天晴も巻き込まれ、12人は壮絶な最期を遂げる。 スーパー戦隊の歴史は、本当に終わってしまったのか? 立ち上がれ、ヒーローたち! 地球の未来は、君たちにかかっている!!






