1人でキャッスルターミナルに突入しようとするライトは、闇のトッキュウ1号に変身。闇の力でモルク侯爵とネロ男爵を蹴散らすが、ゼットの強大な闇には太刀打ちできない。明により救出されたものの、ライトは大きなダメージを負う。ライトは、闇は広がり、また町を飲み込むことを確信していた。だから何としてもゼットを倒し闇を止めなければ。

闇の中で戦えるのはライトと明だけ。明は、ライトに、今度こそ必ず2人で戦うと約束させる。活力を取り戻したライトは、明、そして車掌たちとともに、最後の決戦のためキャッスルターミナルへ！　しかし、ネロの操縦するクライナーロボが行く手を阻む。そこで、ここは明のビルドダイオーに任せ、ライトはゼットの元へ。

ライトは闇のトッキュウ1号に変身し、ゼットに立ち向かう。しかし、ライトには勝利のイマジネーションが見えない。これがキラキラがなくなったということなのか!?　それでもゼットに立ち向かうライト。車掌たちの操縦するトッキュウ烈車が助太刀しようとするが、やはりトカッチたちでないとサポートはできない。ライトは窮地に追い込まれる。

その頃、子どもに戻ったトカッチたちは違和感を覚えていた。そんな4人が秘密基地の看板に何かを見つける。ライトと一緒の5人の写真だった。ワゴンに頼まれ、明が写真を貼り付けたのだ。ライトのこと、そしてトッキュウジャーだったことを思い出したトカッチたちは、ライトの元へ向かうパスを作り、祈る。するとトッキュウ烈車が現れる。

烈車に乗り込んだトカッチたちは、ライトの元へ！　しかし、その時、キャッスルターミナルが闇の巨獣へと姿を変える。闇の巨獣が吐き出す大量の闇が、ライト、トカッチたちの乗ったトッキュウ烈車、そして町と人々を飲み込み…。一方、闇の外に弾けとんだ明は、線路に耳を当てるが気配がない。まさか、レインボーラインが消えた!?