戦国時代―― 天下を恐怖で統一しようとした戦国最凶最悪の武将・牙鬼幻月。 伊賀崎家率いる忍者衆は、激しい戦いの末に牙鬼を葬ったのだが、 牙鬼は不吉な予言を残した… 「444年後、もう一度天下を恐怖で支配せん」と。 そして時は流れ―― ラストニンジャ・伊賀崎 好天は、 妖怪として復活した牙鬼幻月と戦い、これを封印した。 さらに時は流れ現代―― 牙鬼幻月の封印は解かれ、妖怪たち牙鬼軍団が人々を襲い始めた！ 人々の“恐れ”を集めて、牙鬼幻月を完全復活させようとしているのだ。 そこに現代の５人の若者たちが現れる。 彼らこそ伊賀崎家の末裔にして、ラストニンジャ・伊賀崎 好天の孫たち。 その名は『手裏剣戦隊ニンニンジャー』。 忍びなれども、忍ばない！ 親子三代“忍（にん）タリティ”をたぎらせて、 牙鬼の怨念から生まれし妖怪たちを、奇想天外なシュリケン忍法でド派手に退治！ ラストニンジャの称号を得るため、 そして妖怪軍団の牙鬼幻月の復活を阻止するため、 ニンニンジャーの戦いが、今、始まる！ 忍ぶどころか暴れるぜ！