第１作『超力戦隊オーレンジャー オーレVSカクレンジャー』（96年）から、早くも20年。幾多の輝かしき英雄伝説を生んできた「スーパー戦隊“VS”シリーズ」の歴史に、今また新たな１ページが加わる。
　３代目の“忍者”スーパー戦隊として、この世を恐怖で支配しようと企む牙鬼軍団と激しい戦いを繰り広げている手裏剣戦隊ニンニンジャー。
　そして、無限に溢れるイマジネーションを武器に、世界を闇の支配から救った烈車戦隊トッキュウジャー。
　この２大スーパー戦隊が奇跡の出会いを果たし、力を合わせて悪に挑む。それが『手裏剣戦隊ニンニンジャーVSトッキュウジャー　THE MOVIE　忍者・イン・ワンダーランド』だ。
“忍者”と“烈車”の戦隊の共演映画に相応しく、今回の物語には「妖怪烈車」や「闇忍者ランド」が登場。２大戦隊の行く先には、さまざまな罠が待ち受けているが、ヒーローたちも負けてはいない。巧みな変装術と正義のチームワークで、敵を追いつめていく。だが、強敵「闇アカニンジャー」の誕生で、未だかつてない危機が――！
　新年を飾るお祭りムービーを盛り上げるのは、「闇博士マーブロ」として登場する、お笑いコンビ・南海キャンディーズの山里亮太。そして監督は『トッキュウジャー』＆『ニンニンジャー』の両作品で第１話を演出し、キャスト陣の魅力を知り尽くしている中澤祥次郎が務める。
　2016年――スーパー戦隊シリーズのアニバーサリーは、この作品から幕を開ける！