第20話

　パン工房で男の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研の面々が臨場する。被害者はこのベーカリーの店主・長内保男（小川剛生）。後頭部に裂傷と陥没があり、作業台の角に本人の血痕が付着していたことから、そこに頭をぶつけたものとみられた。
　第一発見者は保男の妻・長内花野（大路恵美）。ヨーグルト研究家で、パン発酵に使うヨーグルト酵母を届けに来て遺体を見つけたという。夫とその連れ子である翔（折原海晴）の3人で円満な家庭を築いていた花野は悲しみに暮れる。
　犯人が証拠隠滅を図ったらしく証拠は極めて少なかったが、被害者が死亡する直前に焼いていたパンからは納豆菌が検出された。繁殖力が高く熱にも強い納豆菌は、酵母菌で生地を発酵させるパン作りの天敵。にもかかわらず、なぜベーカリーに持ち込まれたのか不審に思うマリコたち。
　そんな折、被害者の前妻であり、納豆研究家として有名な登矢奈津（西尾まり）が京都に滞在中だと判明。しかし奈津は、仕事上、保男のベーカリー2号店に関する電話はしたが、私的なつながりは一切断ち、離婚以降は全く会っていないと主張する。
　一方、保男の店に務めるパン職人と販売員から、翔を実の子のように可愛がっていた花野が、前妻・奈津のことで保男ともめていたという証言が…。
　ベーカリーにあってはならない納豆を何者かが持ち込んだ。それがどうしても気になるマリコは、科捜研のメンバーたちとともに、納豆菌がパンに入った理由を徹底的に検証！　さらにヨーグルトの酵母菌からも意外な事実が見えてきて…!?　
　菌たちが語る事件の真相とはいったい…？

ゲスト：西尾まり、大路恵美、斉藤陽一郎、小川剛生