取引先の女社長を殴った傷害罪で逮捕送検されていたナスダ工業副社長・那須田（黄川田将也）が、父親の葬儀に出席するための勾留執行停止中に逃亡した。マリコ（沢口靖子）らは顔認証システムを使い、逃げた那須田の行方を追う。
　一方、土門（内藤剛志）らは那須田に殴られた被害女性から話を聞こうとするが、いまだ意識不明。その後、那須田が東京にいたころ土門の妹でカウンセラーの美貴（加藤貴子）のカウンセリングを受けていたことがわかり、京都にやってくるという美貴から話を聞くことにする。
　那須田の逃亡先を絞り込みつつ、マリコは那須田に殴られた被害女性の着衣を調べ、ナスダ工業の登録品種であるシソ科の植物の種を発見する。那須田が殴った時に付着したのだろうか…？
　呂太（渡部秀）が那須田を発見した。連絡を受けた土門らは連携を取りつつ那須田を追い込んでいく。が、あと一歩のところで電車に乗って逃げられてしまうが、その直前、土門の「なぜ逃げる？」という問いかけに那須田は「逃げてるんじゃない！」と答える。逃げているのでなければ、どこへ向かおうとしているのか？そして、その目的は？
　そのころ、科捜研では被害者女性の衣服から見つかった植物の種が、ナスダ工業の登録品種のシソ科の植物と一部異なる塩基配列があることを発見した。登録品種の植物に2種類のDNAが存在するのか？新しい品種？それとも遺伝子汚染か？
　やがて美貴が京都府警に現れ、那須田に関する意外な事実を明らかにする。
　事件解決へ前進するものの、土門が予想だにしない事故に巻き込まれ…。
　那須田はなぜ逃亡し、どこへ向かおうとしているのか？暴行事件に隠された驚きの真実がマリコらの科学捜査、そして土門の執念で明らかに!?