バイク便会社の社長・間山悟（羽場裕一）が公衆トイレに入った一瞬の隙に、ベビーカーに乗せておいた１歳の息子が何者かにさらわれる事件が発生した。現場からバイクの痕跡が発見され、マリコ(沢口靖子)たち科捜研のメンバーは犯人らしきバイクの男の行方を追うことに…！
　まもなく誘拐犯は滋賀方面に逃走したとわかり、土門刑事（内藤剛志）らは滋賀県警刑事・岩内剛（六平直政）らと合同捜査を開始する。直後、科捜研の新人研究員・橋口呂太（渡部秀）が、国道で犯人のタイヤ痕を発見。その近くから、犯人が落としたと思われる緑色の粘着テープも見つかった。テープからは誘拐された赤ちゃんと間山の指紋が検出され、彼と妻・圭子（森尾由美）のやりとりに不自然なものを感じていた土門らは、父親である間山の犯行を疑いはじめる。
　ほどなくして、間山の会社に犯人から3000万円の身代金を要求する電話が入った。科捜研が通話を分析した結果、犯人は琵琶湖近くの公衆電話ボックスからかけたことがわかった。それを聞いた岩内は、なぜか激しく動揺する。不審に思った土門たちが調べると、なんと今回の事件が24年前に起きた未解決の誘拐事件と酷似している、という衝撃の事実が浮かび上がる…！
　その事件とは、滋賀県在住の石井和夫（鶴見辰吾）、陽子夫妻の間に生まれたばかりの息子が誘拐された事件で、赤ちゃんは戻らず、身代金も奪われていた。しかも当時、容疑者として浮上したのはなんと間山夫妻であり、件の公衆電話は石井が犯人からの指示を受けたボックスだった。そして、岩内はその誘拐事件の捜査員だったのだ…。
　そんな中、犯人から2度目の指示が入った。マリコと呂太は、身代金を運ぶ間山の車を極秘追跡するが…!?