京都市内の山道の工事現場から、白骨死体が発見された。工事のため地盤を掘削していたところ、土中からドラム缶が見つかり、そのドラム缶の中から赤茶色の液体と共に人骨が出てきたという。
　現場に駆けつけた（沢口靖子）は、頭がい骨の状態から20歳以下の女性の骨であることを見抜くが、直後、骨と共に見つかった錆びた針金製のブローチを見て、がく然！　そのブローチは30年前の中学時代、なんとマリコ（上白石萌歌）自身が手作りし、親友の川喜多京子にあげたものだったのだ。
　マリコも京子も当時は横浜に住んでいたが、ある日、学校で２人はケンカ。夜になってマリコが京子の自宅まで謝りに行ったところ、彼女はガラス工場を経営していた父・修一（下條アトム）らに連れられて夜逃げした後で、それきり行方がわからず連絡も取ることができなかったのだ。
　発見された白骨遺体は、横浜から夜逃げした後、何らかの事件に巻き込まれて京都で殺された京子なのか…!?　かつての親友かもしれない白骨死体を前にしたマリコに、土門刑事（内藤剛志）は「お前の仕事は科学で真実を掴み出すことだろう。それが、どんなにつらい真実でも」と叱咤する声をかける。そんな土門の言葉に、マリコは決意の面持ちでうなずく…。
　検視の結果、被害者は首を絞めて殺されたことが判明。さらに赤茶色の液体を分析したところ、“炭酸カリウム”と“ヘム（血中ヘモグロビンの分解物質）”とわかる。つまり犯人は被害女性を絞殺した後、遺体を溶かすために炭酸カリウムと共にドラム缶に入れ、そのドラム缶を深夜、工事現場に勝手に埋めたものと推測された。その結果、骨だけが溶けずに残ったようだ…。
　そんな中、マリコの周囲を姫川みずき（有沢比呂子）という名の探偵が探っている事実が浮上。ところが、マリコが対面する直前、その女性探偵が事務所ごと爆破される！　狙われたのは、みずきなのか、それともマリコなのか…!?　はたして、マリコの過去は事件とどうつながっていくのか…!?