「爆発寸前の屋形船が隅田川を高速移動中！」という衝撃の知らせが、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）のもとに舞い込んだ。社長・鮎原和文（六平直政）とその秘書・池本奈月（谷村美月）が貸し切り屋形船に乗っていたところ、突然、奈月の携帯電話に「秘密の金庫のカギを渡さないと船を爆破する」という謎の脅迫電話がかかってきたらしい。鮎原があわてて船内を探すと前方デッキの床下に爆発物が仕掛けられていたという。
　一刻を争う緊急事態に、大岩は移動対策本部を設置。車両に乗り込み、隅田川沿いの道を屋形船と並走しながら指揮を執るが、船内の様子が確認できないばかりか爆弾の種類も特定できない。そこへ突如、前方から一隻の漁船が出現。漁船に乗っていたのは、“運のよさ”が評判の隅田川署刑事・運野和菓子（うんの・わかこ/壇蜜）で、和菓子はすれ違いざまに屋形船の船内画像を撮影し、爆弾を特定。さらに特殊捜査班を屋形船に潜入させる大胆な作戦を提案するが――
　爆発騒ぎの中、前方デッキにいたはずの鮎原の姿がこつ然と消えた…！　デッキにはわずかな血痕と、血の付いた髪の毛も残されていた。鮎原は負傷して川に転落したのか!?　奈月は動転して座敷にいたため鮎原が消えたことも知らなかったと証言するが、和菓子は彼女が大きな秘密を抱えていると直感する。
　ところが翌朝、さらに驚愕の事態が発生する…！　なんと鮎原の遺体が奥多摩の河原で発見されたのだ。東京の東側、隅田川上からこつ然と消えた鮎原が、なぜ東京の西側、奥多摩で見つかったのか!?　大岩は和菓子とともに捜査を開始するが、はたして東京を横断する謎深き事件の真相は…!?