ゲーム病の患者が次々とゲームウイルスへと変貌し、人々を襲い始めた。襲われた人たちもゲームウイルスとなり街はパニックに。が、下手にバグスターウイルスを切除しようとすると人々の命も失われてしまう。手を出せないエグゼイドらは追いつめられる。
そんな中、ポッピーピポパポ（松田るか）は自らの身体にドクターマイティXXガシャットを挿しワクチンに。ポッピーの身体はデータ化、美しい欠片となって降り注ぐと人々は元の身体へと戻っていく。
人々を救うために犠牲となったポッピーに涙する永夢（飯島寛騎）。エグゼイドレベル1に変身し、クロノスからゲムデウスウイルスを分離するための攻撃を開始する。そんなエグゼイドにブレイブらも協力、レベル1となり次々と攻撃を繰り返す。
そして、最後はパラドクスがエグゼイドらのフィニッシュをサポート。変身を解除したパラド（甲斐翔真）は、自らを犠牲にドクターマイティXXガシャットでゲムデウスを消滅へと追い込む。「お前とゲームできて…最高に楽しかった」と消えていくパラド。これで永夢はエグゼイドに変身する能力を失ってしまった…。
「君たちの運命は、バッドエンドだ」
ゲムデウスは消滅したが、エグゼイドも変身能力を失っている。正宗（貴水博之）は永夢らの前で高らかに勝利を宣言する…！