クロノスがゲムデウスを取り込んだことで人々のゲーム病が再発。正宗（貴水博之）はゲムデウスクロノスに変身。エグゼイド、ブレイブ、スナイプを圧倒すると、真のラスボスに挑戦する資格があるのはニコ（黒崎レイナ）のみ、とニコをゲームエリアへと連れ去ってしまう。
ラスボスと戦うゲームエリアに行けるのは、挑戦権を持つニコのみ。しかし、5年前からバグスターウイルスに苦しめられてきた大我（松本享恭）は、ライダークロニクルガシャットを手にゲームエリアへ。ニコに代わってクロノスに変身してゲムデウスクロノスに立ち向かう。
ゲムデウスクロノスに圧倒され、大我は変身を解除。ここまでか、と思ったその時、黎斗（岩永徹也）が開発したチートコードを使い、永夢（飯島寛騎）と飛彩（瀬戸利樹）がゲームエリアに現れた。
永夢、飛彩、大我はエグゼイド、ブレイブ、スナイプに変身。チーム医療の力で、ついにゲムデウスクロノスを倒す。しかし、ゲムデウスクロノスは「真のラスボスとは一度倒され、最強の進化を遂げる」と雄叫びを上げると、貴利矢（小野塚勇人）らゲーム病患者が次々とバグスターウイルスへと変貌していく。
運命のパンデミック…！「仮面ライダークロニクル」に終わりはないのか!?