パラド（甲斐翔真）が永夢（飯島寛騎）と一つになり、ゲーマーMに変貌したことで、パラドが永夢から生まれたバグスターであることが判明する。6年前にニコ（黒崎レイナ）をゲームで打ち負かしたのも永夢ではなく、永夢の身体を乗っ取ったパラド。そのパラドが分離され、本来の人格を取り戻した永夢はドクターを目指すようになった…というわけだった。
パラドを倒せば永夢のゲーム病も完治する。飛彩（瀬戸利樹）と大我（松本享恭）らは、永夢とパラドがエグゼイドダブルアクションゲーマーのLとRとなって戦う現場に急行。パラドに挑発された永夢が、ついにパラドを撃破するシーンを目撃する。
しかし、パラドをリプログラミングしたことで永夢の人間の遺伝子がパラドに組み込まれてしまった。パラドは満を持してゲーマドライバーを使って変身。パーフェクトノックアウト、仮面ライダーパラドクスレベル99となる。
パラドクスレベル99は圧倒的なパワーを発揮。ブレイブ、スナイプのレベル50をいとも簡単に撃破。永夢もエグゼイドレベル99に変身して立ち向かうが、相打ちとなったキックに力負けし変身を解除してしまう。飛彩と大我は永夢を助けようとするが、またもパラドは永夢の身体を乗っ取り悠々と歩き去っていく。
そのころ、ポッピーピポパポ（松田るか）は自らが感染していた人間の記憶を頼りに少年時代の黎斗（佐藤光将）が隠していたガシャットとゲーマドライバーを見つける。そのガシャットはプロトマイティアクションXだったが、なぜか色が違う。いったい何の意味が!?