衛生省に拘束されそうになった黎斗（岩永徹也）がゲーム病を発症した。永夢（飯島寛騎）らは治療が優先と、衛生省の反対を押し切り黎斗をCRに搬送。永夢らの優しさに感謝する黎斗は、永夢をゲーム病に感染させたのは自分の仕業と涙ながらに罪を告白する。
一方、飛彩（瀬戸利樹）は貴利矢（小野塚勇人）が遺したPCからバグスターの能力を書き換えるシステムを発見。これでゲンムに対抗できる。大我（松本享恭）らと幻夢コーポレーションで新たなガシャットにインストールを試みるが、バグスターウイルスが現れ…。
インストールを大我に任せ、飛彩は大我から預かったガシャットギアデュアルベータでブレイブレベル50に変身。大我もスナイプに変身し、インストールが終わったガシャットを使うが、なぜか起動せず変身を解除してしまう。
黎斗からチャーリーバグスターレベル30が出現した。永夢はエグゼイドに変身、チャーリーを撃破し黎斗を治療する。しかし、すべては黎斗のワナ。衛生省による逮捕を免れるため、自らバグスターウイルスに感染。永夢の優しさを利用しただけだった。
黎斗はゲンムレベルエックスに変身。エグゼイドを圧倒し、ドライバーを腐敗させてしまう。勝ち誇る黎斗は飛彩と大我の前を悠然と通り幻夢コーポレーションへ。社長室に復帰すると仮面ライダークロニクルの完成へと作業を再開するのだった…。