| 順位 | 大学名 | 合計タイム |
|---|---|---|
| 1位 | 関西学院大学 （6年連続8回目） |
4時間06分00秒 ※第48回全日本大学駅伝出場辞退 |
| 2位 | 京都産業大学 （4年連続44回目） |
4時間06分58秒 |
| 3位 | 大阪経済大学 （2年ぶり21回目） |
4時間07分04秒 |
| 4位 | 立命館大学 （16年連続28回目） |
4時間07分04秒 |
| 5位 | 関西大学 （2年連続12回目） |
4時間08分12秒 |
| ▲ 選考通過 ▲ | ||
| 6位 | 京都大学 | 4時間12分29秒 |
| 7位 | 近畿大学 | 4時間16分29秒 | 8位 | 大阪体育大学 | 4時間18分52秒 |
| 9位 | 龍谷大学 | 4時間19分38秒 |
| 10位 | 同志社大学 | 4時間20分59秒 |
| 11位 | 甲南大学 | 4時間24分46秒 |
| 12位 | 佛教大学 | 4時間33分34秒 |
| 開催日 | 2016年6月18日（土） |
| 大会名 | 第48回全日本大学駅伝対校選手権大会 関西学連出場大学選考競技会 |
| 会場 | 西京極総合運動公園陸上競技場（京都市） |
| 備考 | 4校を決定 |
| 全日本大学選抜チーム | |
| 尾崎 拓 | 京都大学 |
| 柴田 裕平 | 京都大学 |