みんなの家から、次々とお菓子が消えた…！　おやつがなくなったのび太たちは、しずかちゃんがケーキを焼いてくれると聞いて、大よろこびする。
ところが、焼きあがったばかりのケーキがふわりと浮きあがり、時空のトンネルにすいこまれてしまったからビックリ！　さらに、のび太たちもケーキを追いかけて超空間に引きこまれてしまった。
一同が行き着いたのは、チョコレートの池が広がり、クッキーの花が咲き、お菓子の家が建っている“お菓子の国”だった…！
どうやら、みんなの家から消えたお菓子は、時空のゆがみを通って、この国に吸いよせられているようだった。ということは、このままでは世界中のお菓子がすべて、この国にうばわれてしまうのでは…!?　
そもそも、このお菓子の国は、だれが作ったのだろうか…!?　のび太たちは手がかりをもとめて、お菓子ランドを探検していくが…!?