この世に邪悪がはびこるとき、必ずや現れるという希望の闘士・聖闘士(セイント)。
黄道十二星座を守護星に持つ「黄金聖闘士(ゴールドセイント)」を頂点に、天空に輝く88の星座に対して存在する聖衣(クロス)を纏い神話の時代より女神アテナに仕えてきた。
武器を嫌うアテナのために己の肉体のみを武器とするセイントになるには、人間の限界を超えた力、自己の肉体に内存するエネルギー小宇宙(コスモ)を駆使しなければ成らない。何年にも亘る厳しい修行の末、星矢達はそれぞれの聖衣を手にするが彼を待っていたのは、黄金聖衣(ゴールドクロス)を賭けた銀河戦争(ギャラクシアンウォーズ)と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった…。
正義であるべき聖闘士の力を私利私欲のために使う暗黒聖闘士(ブラックセイント)やアテナ殺害を企てる聖域(サンクチュアリ)からの刺客、白銀聖闘士(シルバーセイント)との戦いを経て、やがて地上の覇権を争う神々の争いに身を投じていく。
アテナの為に、地上の平和の為に、若き聖闘士が立ち上がる。