エボルトから精製された3本のロストボトルを手にした葛城忍（小久保丈二）は、ロストボトルで黒いパンドラパネルを完成させ、一瞬にしてあらゆる惑星に行き来できるワームホールを形成することが目的だったと戦兎（犬飼貴丈）らに告げる。つまりエボルトはあえてビルドらに倒されることでロストボトルを精製、その遺伝子をエボルドライバーの中に潜り込ませ復活の機会を狙っていた。
しかし、エボルトと共闘するフリをしていた忍は、地球を守るためエボルトを裏切りエボルドライバーを特殊ケースに封印。これで元の姿には戻れないという。10年前の“スカイウォールの惨劇”以降、物理法則を超える現象…新世界を誕生させることでしか地球は救えないと考えたという忍。つまり忍は地球を守るために10年間もエボルトをだましてきたことになるが、戦兎らは忍の言葉をにわかに信じられず…。
そのとき内海（越智友己）の身体に憑依したエボルトが現れた。エボルトは忍の裏切りを察知、自らが爆破する直前に密かに遺伝子の一部を放出させていた。怒りのエボルトから毒を注入された忍は、戦兎に抱きかかえられながら消滅してしまう。
戦兎は、消滅する直前の忍から、エボルトも知らない白いパネルが存在し、ハザードトリガーを使え、という謎めいた言葉を聞かされる。同時に受け取ったデータカードの解析を試みるが、ロックが解除できず中身を見ることすらできない。白いパネルとは？ハザードトリガーをどう使えというのか？
クローンスマッシュの大群が東都で破壊活動を開始した。戦兎らは現場に急行。エボルコブラフォームの前でビルドラビットラビットはジーニアスにビルドアップしようとするが、なぜかジーニアスになることができない。
そのころ先の闘いで重傷を負い、nascitaで眠っていた一海（武田航平）にエボルトの遺伝子が憑依した。一海は美空（高田夏帆）らを一瞬で倒すと、CDロストボトルを奪い、ビルドらと闘うエボルに合流する。
一海に憑依していた遺伝子の一部を受け取ったエボルはブラックホールにパワーアップ。さらにCDロストボトルで黒いパンドラパネルを完成させると、パネルを体内に埋め込みパワーアップ、大きく変貌する。
これまでにないエボルトのパワーになす術もなく圧倒されるビルドたち。エボルトはブラックホールを形成しビルドの目の前で惑星を吸収、その力でさらにパワーアップしビルドラビットラビットを圧倒。ついには変身解除に追い込む。
変身を解除した戦兎は、亡き父・忍とかつて交わした約束、地球が危なくなったら一緒に地球を守るという言葉を思い出す。父が創ったライダーシステムは正義のためのもの。そんな父の思いを胸に戦兎は、ハザードトリガーを挿入したままでジーニアスボトルを挿入。ビルドジーニアスに変身する。
ビルドジーニアス、クローズマグマらの攻撃でエボルトの身体から黒いパネルを浮き出させると、ビルドジーニアスはパネルに必殺技をお見舞いする。と、次の瞬間、キャッスルとハンマーのロストボトルが浄化され黒から元の色へと変化する。そして、グリスがいち早くキャッスルロストボトルをゲット。エボルブラックホールは怒りをあらわにしつつ姿を消す。
ハザードトリガーがロストボトルを浄化した。やはり暴走装置ではなかったと父の思いをかみしめる戦兎。そして、父が遺したデータカードの解析を続けた結果、ついにある答えに到達する。
「謎が解けた…。これでエボルトを倒せる……」