変身を解除し、ついに戦兎（犬飼貴丈）の前に姿を現した父・葛城忍（小久保丈二）。そこに石動（前川泰之）＝エボルトも現れたことに戦兎は激しく動揺する。父が開発したライダーシステムはエボルトを倒すためではなかったのか？実は戦兎や龍我（赤楚衛二）が仮面ライダーに変身したのも、すべては忍が画策したことだった。
あとはロストボトルさえ揃えば目的は達成する。忍は戦兎らの目の前でビルドニンニンコミックに変身。龍我、一海（武田航平）、幻徳（水上剣星）もそれぞれのライダーに変身し、闘いを挑むが、父親に裏切られたショックから立ち直れない戦兎だけは変身できない。
自らのために設計したビルドに変身した忍。初期型にもかかわらず、巧みな攻撃でグリス、ローグを変身解除へと追い込む。「だったら俺が相手だ」とビルドに襲いかかるクローズマグマだったが、次の瞬間力を制御できなくなり暴走してしまう。すさまじいパワーでビルドを圧倒するクローズマグマは、戦兎の制止を無視して必殺技を繰り出そうとする。やむなく戦兎はビルドジーニアスに変身、強烈な一撃でクローズマグマの変身を解除させる。
傷つき意識を失った龍我に一海の怒りが爆発した。今やエボルトと手を組み敵となった忍をなぜ庇うと戦兎を責めるが、戦兎は力なく「父さんは敵じゃない…」と呟くだけ。そんな戦兎に失望した一海と幻徳は、一緒には戦えないと去っていく。
やはり自分は父・忍に利用され、ライダーシステムを完成。エボルトの野望の手助けをしてしまったのか!? それらを覆す証拠を探しても見つからず、戦兎は苛立ちを募らせる。そんな戦兎を美空（高田夏帆）は懸命に励ますが、ライダーシステムが正義のためにあるという信念が崩壊した今、戦兎は前を向くことができない。
美空は戦兎を救うため、石動＝エボルトの呼び出しに応じてしまう。しかし、それは美空をロストスマッシュにするための罠だった。忍は美空の中に潜むベルナージュの力を利用し美空をロストスマッシュにしようとネビュラガスを注入する。その美空から助けを求める連絡を受けた戦兎。ようやく美空を発見した時、戦兎の目の前で美空はCDロストスマッシュに変身、自我を失い戦兎に襲い掛かる。
戦兎はビルドタンクタンクに変身、ジーニアスにビルドアップし美空を救おうとするが、現れた忍はベルナージュの力が邪魔をしているためジーニアスでも美空を助けることは出来ないと警告する。その忍もビルドラビットタンクに変身、CDロストスマッシュと共に何もできないビルドタンクタンクを攻撃、変身解除へと追い込む。
ロストボトルを集め物理法則を超えた新世界の扉を開く、ライダーはそのために創られたヒーローに過ぎない…。ビルドラビットタンクに変身した忍の言葉に衝撃と屈辱をかみしめる戦兎。が、そこへ意識を取り戻した龍我が現れた。創られたヒーローでも構わない、自分が信じる正義のために戦う、という龍我のまっすぐな言葉に、ようやく戦兎は目を覚ました。
戦兎と龍我はビルドジーニアス、クローズマグマに変身。クローズにビルドラビットタンクを任せ、ビルドジーニアスはCDロストスマッシュから美空を救い出す方法を探る。その間にもエボルトの遺伝子の影響で再びクローズが暴走を始めた。必死で考えたビルドジーニアスは、これなら…とCDロストスマッシュとクローズマグマが重なり合った瞬間にCDロストスマッシュを攻撃。同時に二人を撃破するが、クローズマグマも傷つけることなく、美空の救出にも成功する。
美空のベルナージュの力を龍我に移し、龍我にあるエボルトの遺伝子と中和させることに成功。戦兎がギリギリで考え付いた攻略法にさすがの忍＝ビルドラビットタンクもがく然とする。
すべての迷いを捨て去り、ビルドジーニアスはクローズマグマと力を合わせビルドラビットタンクを攻撃。
「科学者として、ビルドとして、葛城忍を超えてみせる！」
ビルドジーニアスらの勢いに気おされたビルドラビットタンクは逃走を余儀なくされる。
傷つきながらも北都のファウストへと戻った忍。そこへ一海と幻徳が潜入したとの情報が入る。一海らの目的とは？
貴行