戦兎（犬飼貴丈）に憑依したエボルトは仮面ライダーエボルラビットフォームに変身。ついにフェーズ3にまで到達してしまう。しかし、エボルトリガーを押しても反応はなく、エボルトは中途半端に人間の身体を乗っ取ったせいでパンドラボックスの力を操れないようだ。龍我（赤楚衛二）は「戦兎を返せ！」とクローズに変身しようとするが、龍我の体内にあったエボルトの遺伝子はエボルトが吸収。龍我は人間となり変身できなくなってしまう。
美空（高田夏帆）に憑依したベルナージュによってパンドラボックスは守られたものの、龍我が変身できなくてはエボルトを倒すことなどできない。龍我は幻徳（水上剣星）に人体実験を依頼するが、科学者ではない幻徳にはできないという。ならば、と龍我は一海（武田航平）をサポートするために「一緒に戦ってほしい」と幻徳に頭を下げる。しかし、父・泰山（山田明郷）を失い、父に国を託すという思いを達成できなくなった今、幻徳はライダーに変身する意味を見出せない。
戦兎に憑依したエボルトが戦兎の人格と引き換えにパンドラボックスを要求してきた。が、エボルトは「戦兎を返せ」という龍我らの要求を拒否する。ならば、と一海がグリスに変身して戦いを挑むが、リモコンブロスとエンジンブロスの連携した攻撃に追い詰められてしまう。変身できない龍我はただ見守るしかなかったが、そこへローグが助っ人として現れた。
一気に形成を逆転すると、戦兎＝エボルトはエボルコブラフォームに変身。グリスとローグの攻撃に苦戦すると、すかさずエボルラビットフォームに変身する。エボルラビットの圧倒的なパワーに追い詰められるグリスとローグ。苦しい戦いを目の前にした龍我はエボルラビットにタックル、ドラゴンエボルボトルを奪い取る。
ドラゴンエボルボトルは自分の身体から精製したもの。イチかバチか、変身できない龍我は生身のままボトルを手にエボルラビットに襲いかかる。しかし、エボルトの遺伝子を持たない、普通の人間となった龍我は一方的にエボルラビットの攻撃を受けるだけ。それでも何度も立ち上がり、龍我はエボルラビットに立ち向かっていく。
龍我の恐るべき執念が通じたか、龍我の攻撃がエボルラビットにダメージを与え始めた。そして、龍我の手の中にあるボトルが炎をまとうと、クローズドラゴンが現れた。龍我はボトルをクローズドラゴンに挿入、そのままドライバーにさすとグレートクローズへと変身する。さらに戦兎が開発したマグマナックルをドライバーに挿入、クローズマグマへと変身し、これまで以上のパワーでエボルラビットに襲い掛かる！
クローズマグマの圧倒的な力に押されていくエボルラビット。チャンスと見たグリスとローグは戦兎を助けるため、クローズマグマの攻撃に合流。3人力を合わせてのライダーキックでエボルラビットにとどめを刺す。
しかし、エボルはライダーキックをエボルトリガーで受け止め、トリガーをパワーアップさせていく。次の瞬間、エボルは激しい漆黒の竜巻を引き起こし、クローズマグマらは巻き込まれてしまう。嵐のような渦の中から戦兎の身体が弾き飛ばされ、クローズマグマらも変身を解除。龍我らはなんとか戦兎を取り戻すことに成功する。
が、竜巻が消えるとこれまでには見たことがないエボル、仮面ライダーエボルブラックホールフォームが出現した。これがエボルトの完全体…。
そして、戦兎も意識を取り戻すが、龍我はがく然とする。
「戦兎？誰のことだ…」
戦兎は桐生戦兎ではなく、葛城巧の記憶を取り戻していた…。
竜太