特命係が事件捜査で関わった所轄署は数多いが、主なものに、下着泥棒の証言から犯罪が発覚した滝沢署（シーズン１の４話）、ベテラン交番勤務の巡査・長谷川修（江藤潤）が銃で撃たれて死亡した木場署（シーズン３の13話）、三浦の旧友・安城雄二（中村育二）が篠宮ゆかり（青山知可子）の自首を受け付けた緑川署（シーズン４の９話）などがある。