“平成の切り裂きジャック”と呼ばれた死刑囚の浅倉（生瀬勝久）は、刑務官を殺害して脱獄していたが、記憶喪失の状態で発見される。最高検察庁次長検事の千登勢（岸田今日子）は、一日でも早く刑を執行させようと動くが、法務大臣の瀬戸内（津川雅彦）は命令書へのサインを拒む。そんな中、浅倉が刑務所内で自殺したという知らせが特命係にもたらされる。その死に不審を抱いた右京（水谷豊）が捜査に乗り出すと、浅倉が刑務官たちから暴行を受けていたことが分かる。それが自殺の原因とされたが、浅倉が死んだと思われる時刻に、火災報知器が誤作動を起こしていたことが判明。捜査を続けた結果、刑務主任が殺害に関与していた可能性が浮上してくる。その矢先、問題の刑務主任が自殺。最後に電話を掛けた相手は千登勢だった。彼女が怪しいとにらんだ右京は、危険な罠を仕掛ける。この一件以来、瀬戸内は特命係に一目置くようになる。

首相補佐官の沢村（春田純一）が自殺と見られる遺体で発見される。官房長官の朱雀（本田博太郎）は、首相官邸に盗聴器が仕掛けられた一件の責任を取って自殺したと断定し、事件の幕引きを図る。ところが、前法務大臣の瀬戸内が、犯人は自分だと自首してくる。瀬戸内は、沢村の自殺を不審に感じ、自分が名乗り出ることで警察を動かそうとしたのだ。その意図を察した右京が捜査に乗り出すと、沢村は朱雀と若手二世議員の雛子（木村佳乃）が愛人関係にあり、共謀して多額の機密費を流用していたことを知ったゆえに殺されたのではないかとの疑惑が浮かび上がってくる。その後、犯人は朱雀に脅迫された首相秘書官であることが判明し、事件は解決。朱雀は失脚するが、雛子の秘書が自殺したことで機密費流用疑惑はうやむやのまま。雛子は政治家としてダメージを負うことなく、右京の追究をかわし、絶体絶命の難局を切り抜けたのだった。

右京と薫（寺脇康文）は、元法務大臣・瀬戸内の政治資金集めパーティーに警備として駆り出される。薫は、会場となったホテルで偶然、高校時代の友人・兼高（四方堂亘）を見掛けるが、その直後、彼は遺体で発見される。右京は、防犯カメラの映像から、同じフロアに滞在していた総合商社の部長・小笠原（西岡德馬）に疑惑の目を向ける。すると、小笠原が発展途上国サルウィンへの支援物資を買い戻し、横流ししていたことが判明。小笠原は、それを知った兼高から揺すられたため殺害したのだという。さらに、買い戻しの首謀者が、瀬戸内であるとも供述。瀬戸内は、支援物資をサルウィンに届けても、本当にそれを必要としている人の元には届かない現状を打破するため、支援物資を小笠原に買い取らせて現金に換え、それをすべて寄付していたのだ。特命係によって暴かれたこの不正により、瀬戸内は懲役10年の実刑判決を受けることになる。