烈車が“沢芽シティ”駅に到着。平和な街を散策するライトたちの前に、怪人と戦闘員が現れる。どうやらシャドーではないようだ。ライトたちはトッキュウジャーに変身。そこに駆け込んできた紘汰（佐野岳）も仮面ライダー鎧武（ガイム）に変身する。怪人の正体は地下帝国バダンのモグラロイドだった。モグラロイドがクラックを作り出すと、そこからライオンインベスが飛び出してくる。

仮面ライダー龍玄も駆けつけともに戦うが、敵に逃げられてしまう。この街で何が起こっているのか？ライトは紘汰から、トカッチたちは龍玄の光実(高杉真宙)と仲間の舞(志田友美)から話を聞くことに。鎧武たちが戦っている“インベス”は、空間にできた裂け目“クラック”を通って街に現れる。モグラロイドがたくさんクラックを作れば大量のインベスがこの街に押し寄せてしまう。

ライトたちは紘汰たちに協力しようとするが、紘汰はそれを断る。トッキュウジャーにはトッキュウジャーのやるべきことがあるはずだというのだ。そんな中、再びライオンインベスが出現。やはりこの街を放っておけないライトは、すぐに駆けつける。ライトの気持ちをありがたく受け入れた紘汰は、ともに戦うことに。戦いの中、ライオンインベスが巨大化。そこでトッキュウオーで応戦し撃破する。

紘汰は、この街を危機から救うべく、仮面ライダーバロンの戒斗(小林豊)に協力を頼む。しかし、戒斗は首を縦にふらない。その頃、ライトは、紘汰からの頼みで舞を烈車に乗せていた。紘汰は、舞を危険な目にあわせないよう街から避難させたかったのだ。それを知った舞は次の駅で降り、モグラロイドに誘拐されてしまう。光実は、戒斗の協力も得て、ある作戦によりモグラロイドをおびき出すことに成功。

その間に紘汰とライトは舞の元へ。しかし、そこにもモグラロイドが。モグラロイドは兄弟だったのだ。絶体絶命の中、ライトと紘汰は勝利をイメージする。鎧武、龍玄、バロン、トッキュウジャーはモグラロイドに応戦。突如、現れた謎の仮面ライダーフィフティーンには、昭和ライダーが応戦し窮地を脱する。そして鎧武たちもモグラロイドを撃破。仮面ライダーとトッキュウジャーにより、沢芽市は守られたのだった。