“ラストニンジャ”の称号を目指し、修業を続けるニンニンジャー。資格マニアの凪は、忍術の修業でも参考書が手放せない。しかし、天晴にも八雲にも、自分の力で考えて行動しなければ修業にならないと言われてしまう。

そんな中、スピード自慢の妖怪カシャが出現。天晴や八雲と肩を並べたい凪は、ひとりでカシャに立ち向かう。しかし、実際の戦いの中では参考書など役に立たず苦戦。凪は、暴走するトラックにくくりつけられてしまう。凪を助けるため、八雲たちはカシャに応戦。ところが、そこに牙鬼軍団の幹部・蛾眉雷蔵が現れる。蛾眉は、これまでの敵とはケタ違いの強さ。蛾眉の相手は天晴に任せ、八雲たちは凪の元に向かう。

絶体絶命の凪は、参考書のことは忘れ、天晴のように余計なことを考えず行動してみることに。気合いで脱出した凪は、運転手の救出にも成功する。そこに、牙鬼軍団の幹部・十六夜九衛門が現れ、召喚の術により巨大妖怪ガシャドクロを出現させる。ニンニンジャーはシュリケンジンで応戦し、ガシャドクロを撃破。凪は、忍術の修業には参考書は必要ないと気付いたのだった。