放浪の旅に出ていた天晴（西川俊介）が、伊賀崎忍術道場に戻って来る。そこには父・旋風（矢柴俊博）の呼びかけにより集まった、妹の風花（矢野優花）と、いとこの八雲（松本 岳）、凪（中村嘉惟人）、霞（山谷花純）も。5人は、“ラストニンジャ”と呼ばれた伊賀崎 好天（笹野高史）の孫だった。どうやら、かつて好天が封印した最凶最悪の戦国武将・牙鬼幻月が復活しようとしているらしい。

そんな中、異変が起きた！　牙鬼を封じ込めていた48の封印の手裏剣が散り散りに飛んでいってしまう。牙鬼の家臣・十六夜九衛門により封印が解かれたのだ。その手裏剣のひとつがチェーンソーにとりつくと、妖怪カマイタチに変化。天晴は戦おうとするが、他の4人は恐れをなしてしまう。それでもひとりでも立ち向かう天晴の姿を見た4人は、ともに戦う決意を。

5人はニンニンジャーに変身！　初めての戦いにとまどいながらもカマイタチを撃破する。ところが、十六夜によりカマイタチは巨大化。そこでニンニンジャーはオトモ忍を召喚。さらにシュリケンジンに合体し、カマイタチを撃破する。ニンニンジャーとして戦うと決意した5人。そこに亡くなったと思っていた好天が現れ…!?