南米のルベルタ共和国の副大統領夫妻が来日。土門（内藤剛志）も日系の妻サトエ・マルケス（かたせ梨乃）を連れた副大統領の警備に駆り出される中、現金輸送車が3人組に襲撃される事件が発生した。臨場したマリコ（沢口靖子）らだったが犯人は事前に警備室に潜入、警備会社の鍋谷亮次（三村晃弘）を脅し、すべてのセキュリティシステムを解除。さらに周辺の防犯カメラを避けるように逃走していた。用意周到で犯行に臨んだようだが、現金輸送車にあった現金は多い時の十分の一ほど。犯人の狙いは金ではなかったのか？

　所轄署が拘束した謎の男が呼んでいる、とマリコが呼び出された。現金輸送車襲撃事件について何かを知っているらしいが、マリコの「科学は嘘をつかない」という捜査姿勢をこの目で確かめたいという。指紋も消し、自らを“幽霊”という男はマリコの質問に答えず、これから君が調べろと挑発する。

　男のDNA鑑定では前歴者データに一致するものはなかったが、顔写真をDNA捜査が確立する前までさかのぼり照合した結果、40年前に殺害された左翼運動の天才活動家・朽木政一（近藤正臣）であることがわかった。1970年ごろから学生運動のトップに立ち、女性活動家の畑山里江子と結婚。弟の朽木武二も仲間に引き入れ、勢力を拡大していったが、40年前の捜査では殺害犯を弟の武二と断定していた。

　が、朽木が生きていることが証明された今、当時見つかった死体は誰だったのか。そして事件から40年たった今、なぜ姿を現したのか？問い詰めるマリコに「大切なものは目に見えない」と『星の王子さま』の一節を引用して煙に巻く朽木。ある犯罪を予告するためにマリコの前に現れたのだという。

　土門によると来日中の副大統領暗殺計画の情報を公安課が入手。その暗殺計画を陰で操っている人物として、かつての朽木の部下だった繁森光之（西岡德馬）の名前が浮上していた。繁森は朽木亡き後、武力行使を容認する過激派となり地下に潜っていたという。朽木が事情を知っているらしい現金輸送車襲撃も繁森によるものなのか？朽木に指名されたマリコが現金輸送車襲撃事件、暗殺計画などすべての真相を探るため、朽木の事情聴取を担当する。

　しかし、朽木はかたくなにマリコの質問をはぐらかす。それでは、とマリコは朽木の着衣を鑑定。拘束されるまでの足取りを解明し、朽木が現金輸送車を襲撃したグループのアジトにいたことを立証する。そして、そのアジトからは繁森の指紋も！繁森は来日中の副大統領を暗殺するつもりなのか？そして、その計画に朽木も加担しているのか？
　マリコは伝説の天才活動家・朽木とまるでゲームのような会話を重ねていき、絡まった紐がほどくようにゆっくりと真実に近づいていくのだが…。