マリコ（沢口靖子）は、ある法医学の鑑定書を手にした芝美紀江監察官（戸田菜穂）の取り調べを受ける。
「私は、あなた方が、犯罪者だと思っています」
　美紀江がマリコを取り調べる真意とは…!?

　1週間前、人気ラーメン店から火災が発生。倉庫の二階部分が全焼、男性と見られる遺体が発見される。父親の跡を継ぎ店主となった南条輝明（深水元基）によると、遺体は父の代から働いている従業員の河原崎満（宇野嘉高）ではないかという。河原崎は仕込みの後、二階の倉庫で寝てしまうことがたびたびあり、出火の原因も彼の寝タバコと考えているようだ。しかし、土門（内藤剛志）が河原崎の若い妻・河原崎愛（足立梨花）に事情を聞くと、自宅でボヤを発生させてから河原崎は寝タバコはしないと約束していたと強く否定する。

　出火の原因が寝タバコなら火災残渣からタバコ、ライターなどが発見されなければならない。その残渣の鑑定をしていた日野所長（斉藤暁）が倒れてしまった。原因は虚血性心疾患。東京から駆けつけた日野の妻・日野恵津子（宮地雅子）は、深夜勤務が続き帰れない、というメッセージアプリによる夫とのやりとりをマリコらに見せる。「仕事に殺されかけたということですよね？」と問いかける恵津子に責任を感じるマリコだが、恵津子はマリコらを責めずにある協力を依頼する。それは…。

　火災残渣の鑑定から寝タバコの可能性が低くなる中、防犯カメラの映像で酒に酔った店主の南条が出火時刻に現場近くにいたことがわかった。南条は居酒屋で河原崎への不満を口にしており、火事に見せかけて殺害する動機もある。

　恵津子がマリコから入手した日野の勤務記録をもとに、八田功警務部長（升毅）に夫の公災を申請する。あわてた八田は、かねてから検討していた「服務規定の一部改訂」を通達。マリコら科捜研だけでなく、土門や蒲原（石井一彰）までもが規定勤務時間を超えると鑑定や捜査を別の担当者に引き継ぎ、強制的に帰宅させられるという勤務システムが緊急導入されてしまう…。その結果、捜査は意外な方向へと進展していき…？