小さな寺の境内にある蔵の中から、ナイフを胸に突き立てられた建設会社社長・大前孝之（入江毅）の死体が発見された。奇妙だったのは、蔵には内側からカギがかけられており密室状態だったこと…。マリコ（沢口靖子）ら科捜研の鑑定で、遺体は別の場所で殺害された後、蔵まで運び込まれたことが判明するが、犯人はいったいどんな手段で密室を作り上げたのかが、最大の謎だった。寺の住職・西念義助（田山涼成）は、“仏の天罰”だと言うが…

　まもなく、殺された大前は業界では有名なやり手で、３年前、世界遺産の寺院の土地の一部を買い上げ、セレブ向けの複合ビルを建設したことが発覚。その際、強引な手段で反対派を抑え込んだことがわかった。土門刑事（内藤剛志）は、被害者に執拗につきまとっていた開発反対派の大学教授・小柳良晴（冨家規政）を疑いはじめる。
　一方、科捜研のメンバー・橋口呂太（渡部秀）は、寺の近所に住む中学生たちから、周辺で“怪奇現象”が頻発していることを聞く。いったい、その怪奇現象とは…!?