宅配便で届けられた荷物が爆発する、という衝撃の事件が起きた。被害に遭ったのは、元法務大臣・芳賀和香子（大島さと子）の娘で、大学生の芳賀理菜（松浦雅）。幸い軽いケガですんだが、爆弾にはアルファベットの『T』に『2』という数字がレイアウトされたメッセージカードが添えられていた。
　マリコ（沢口靖子）ら科捜研のメンバーが気になったのは、カードの裏にあった『NEXT=3』という文字だ。相馬涼（長田成哉）は、この『NEXT=3』は次の犯行を示唆する犯人からの犯行予告ではないかと直感する。
　その悪い予感は的中し、続いて採石会社経営・館山荘司（床尾賢一）に、同様の小包爆弾が届いた。現場からは同じカードが見つかり、今度は『T3』、裏には『NEXT=4』と書かれていた。
　捜査の結果、被害者2人に接点は見つからなかったが、いずれも同じ宅配便を装っており、爆薬も同じものだった。マリコたちは急いで爆発物処理班の柿沢一樹（渡辺大）に、爆弾の構造の分析を依頼。だが、柿沢はメッセージカードを見たとたん、なぜか顔を一瞬こわばらせる…。
　その矢先、京都府警の元警備部長・芝木寅彦（白井滋郎）が、同様の爆弾によって殺害される。ジョギング中、ベンチの下に仕掛けられていた爆弾が爆発し、被害に遭ったようだ。現場で見つかった犯行予告カードには、『T4』『NEXT=1』と記されていた…。
　NEXTの次の数字は、順当に考えれば『5』と思われたが、『1』…。いったい何の暗号なのか…!?　相馬は一刻も早く数字の意味を解いて、連続爆破の次のターゲットを救わなければと決意。必死に暗号の検証に取り組むが…!?　連続爆弾犯の魔の手はやがて科捜研にも及び、マリコや相馬の身に、最大の危機が…!?