京都府警捜査一課刑事・土門薫（内藤剛志）と蒲原勇樹（石井一彰）は、京都市内のハーブ販売店で、店主の刺殺死体を発見する。実は、組織犯罪対策第三課刑事・落合佐妃子（池上季実子）から、その店で集団窃盗事件が起きるはずだと蒲原に電話が入り、彼女がどういう魂胆で自分たちに連絡してきたのか、いぶかしみながら駆けつけたところだった。
　店内の防犯カメラは犯人によって映像が削除されていたが、（沢口靖子）ら科捜研が復元した結果、指定薬物所持で前歴のある川田修斗（石垣佑磨）の犯行であることが判明。
　川田の自宅に向かうと、すでに佐妃子が捜索をはじめており、土門はがく然！　実は修斗の父・勝（伊武雅刀）は薬物の密売人であり、佐妃子らは半年にわたって彼の内偵を進めていたのだ。
　そんな中、科捜研の調査により、修斗が関西国際空港に現れる可能性が浮上。土門とマリコは関西国際空港に急行するが、またしてもそこには佐妃子の姿が――。佐妃子は薬物の密輸現場を抑えるために麻薬犬と共に張り込んでいたのだ。
　そこへ、勝と修斗の父子が姿を現し、土門とマリコは確保に向かう。修斗と勝の身柄は確保できたものの、騒動の隙に薬物が入ったバッグを謎の女が持ち去ってしまった。
　女を取り逃がしたことで、藤倉刑事部長（金田明夫）や佐伯本部長（西田健）から厳しい追及を受けたマリコは、指紋から、女の正体が麻薬取締法違反で前歴のある堀之内華（小沢真珠）であることを突き止め、彼女の足跡を必死に追う。
　やがて、華が持ち去ったバッグに入っていた薬物は、ハーブ店店主の遺体の指先に付着していた新種の危険ドラッグの材料のひとつであることが判明。華は密輸で手に入れた薬物をほかの成分と混ぜ、新手の危険ドラッグに作り変えていたとわかり…!?