京都市内の宝石店に強盗が侵入、宝石を奪った上、警備員を殺害して逃走した。現場に残されたわずかな証拠から、犯人は強盗常習犯の進藤君和（奥深山新）と判明。京都府警は進藤を指名手配し、科捜研での鑑定は終了しつつあった。だが、（沢口靖子）だけは、犯人が宝石店の裏口をこじ開けて侵入した際に防犯システムが作動しなかったことに疑問を抱いていた…。
　そんな中、解剖医・風丘早月（若村麻由美）のもとに立ち寄ったマリコは、高校生に成長した風丘の娘・亜矢（染野有来）と再会。亜矢は突然、「私の調査に協力して」と言い、マリコをひとりの少女と引き合わせる。彼女は亜矢の親友・保坂麻衣（ついひじ杏奈）で、父の逸郎（渋谷哲平）に宝石強盗の共犯容疑がかかっているという。逸郎は、事件のあった宝石店に長年、派遣されていた警備員で、事件当日に限って非番だったのだ。麻衣は事件当夜、父は自分とずっと一緒だったと主張するが、逸郎は共犯として疑われることに我慢ならなくなったのか、一昨日から姿を消していた。
　マリコは進藤が犯行前、共犯者と共に宝石店の下見をした可能性を考え、事件発生前の防犯カメラ映像を確認。すると、やはり進藤は謎の男と一緒に事前に現場を調べに来ていたことが発覚。しかしながら、映像からは共犯者の身元を特定できなかった。
　ところが翌朝、事態は急変する。なんと、進藤が意識不明の状態となって河原で発見されたのだ…！　後頭部を何者かに殴られ気絶したまま、川を流れてきたようだ。共犯者と仲間割れした挙句、殺されかけたのだろうか…!?　マリコは上流エリアを捜索すれば共犯者に繋がる証拠が見つかるはずと考えるが、藤倉刑事部長（金田明夫）は、それよりも共犯者と思しき逸郎の自宅を任意で捜索するのが先だと判断。マリコは逸郎父娘が暮らすアパートに家宅捜索に入る。だがそれを知った亜矢から、マリコは「マリコさんのこと、味方だと信じていたのに…！」と、なじられてしまい…!?
　そんな中、科捜研に謎の箱が届く。送り主は、刑務所…。
　その箱の中身から、マリコは事件解決の糸口を見つけて…!?