京都市内のフリーマーケットで違法薬物の取引が行われるという情報が入り、（沢口靖子）たち科捜研のメンバーも薬物鑑定のために現場に出動した。土門刑事（内藤剛志）らが売買の瞬間を抑え、会場が混乱する中、マリコは店じまいを焦る不審な男・宮脇敏雄の存在を確認。宮脇と対峙したマリコの前に割って入ったのは、所轄署の刑事・落合佐妃子（池上季実子）だった。彼女は宮脇の所持品から、鮮やかに拳銃を発見する。
　宮脇は、２週間前に亡くなった叔母の遺品から拳銃を見つけたと証言。確かに、その拳銃は全国の警察のデータベースで照会してもヒットせず、出所がわからなかった。先日、京都市内の用水路で出所不明の拳銃が見つかる事件が起きていたが、何か関連があるのだろうか…!?
　そんな中、佐妃子が府警本部・組織犯罪対策三課に異動してきた。佐妃子は所轄署で多くの摘発を成功させた優秀な刑事で、“銃器薬物のクイーン”という異名を持つ叩き上げだった。
　その夜、京都市内の遊歩道で弁護士・栄村治彦の射殺死体が見つかった。栄村は民事介入暴力専門の人権派弁護士で、暴力団に恨みを抱かれていても不思議はない。しかし銃弾の損傷が激しく、線状痕が鑑定できないため、銃の出所は突き止められそうになかった。
　そんなとき、科捜研にふらりと佐妃子がやって来た。銃弾の鑑定が難航していると知り、過去、自分が在籍した所轄署内で起きた発砲事件の中から、38口径のデータを持参したのだという。マリコはそのデータをもとに、銃を特定。12年前に暴力団同士の抗争によって発生した発砲事件で使われたものだと判明する。
　その矢先、栄村の妻・郁子を訪ねたマリコは、車椅子に乗った臨床心理士・庄野香歩（高橋ひとみ）と出くわす。　香歩は郁子のインターネット仲間で、夫を失った郁子を元気づけるために訪れたと話すが、やがて香歩が運営している悩み相談サイトに裏の顔があるとわかり…!?