「ひよりはどこだ！」。
突如、目の前に現れた砂浜に倒れていた三島（弓削智久）に迫る天道（水嶋ヒロ）と加賀美（佐藤祐基）だが、ゼクトルーパーに守られ三島は車で走り去ってしまう。

ビストロ・サルに戻った天道はひよりが描いた妖精の絵を見ながら一人涙を流す。
そんな天道を窓の外からそっと見つめる加賀美で…。

ワームが出現した。
連絡を受けた加賀美と岬（永田杏奈）が現場に駆けつけると、珍しく他のチームや訓練生まで集合している。
司令官の無線に従い、建物の奥へとトラップを避けながら進む加賀美と訓練生。しかし、２人が到達した先には、なんと天道が料理を作って待っていた。
「お前、何をしているんだ！」。
激しく詰め寄る加賀美だったが、ヘルメットを取った訓練生の蓮華（手嶋ゆか）が割って入ってきた。
「天道さんはカブトとしてZECTのメンバーになったんです」。
しかもいきなり司令官に任命したとか。今回の召集はその天道が副官を決めるためのもの。天道はやる気満々の蓮華を副官に指名する。

こっそり天道の真意を問いただした加賀美は、天道がひよりのためにZECTを内側から潰し、自分以外のライダーをすべて消そうとしていることを知る。
なぜ、それがひよりを救うことになるのか？
加賀美は天道の真意が理解できない。

剣（山本裕典）から金でサソードシステムを買い取った天道。サソードゼクターがなければ剣はワームになってしまう、とじいや（梅野泰靖）から泣きつかれた加賀美はサソードゼクターを取り戻そうとするが、天道は従わないどころか影山（内山眞人）を呼び出しザビーゼクターを奪おうとする。
カブトとザビーの戦いに思わず割って入ったガタックだったが、ワームを倒すことが目的のZECTとライダーがいてはひよりは生きていけない、という天道の言葉を聞き、思い悩んでしまう。

ゴン（神崎愛瑠）からドレイクグリップを受け取った天道はドレイクゼクターもゲット。
しかし、その前に影山がウカワームとともに現れた。
ザビーからゼクターを奪うため、ひよりがどこへ消えたウカワームから真実を聞き出すため、カブトは懸命に戦うが、次第に追い詰められていく。
そして、ウカワームがライダースティングで傷ついたカブトに止めを刺そうとしたそのとき、なんとボロボロの衣服をまとった矢車（徳山秀典）が現れた。

「パーフェクトもハーモニーもない…」。
なにやら世捨て人のようになった矢車は仮面ライダーキックホッパーに変身。ワームを撃破すると、ザビーまで攻撃し変身を解除させてしまう。
ザビーゼクターをゲットしたカブトは、キックホッパーからもゼクターを奪おうとするが、今度はホッパー得意のキックがカブトめがけて…。

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脚本・米村正二
監督・田�ｱ竜太
アクション監督・宮崎剛