渋谷廃墟の未知の扉を開けて中へと入った天道（水嶋ヒロ）、加賀美（佐藤祐基）、ひより（里中唯）。
そこは何年も放置されたままの手術室のような部屋だった。
アルコール漬けのワームの卵に声を失う加賀美。
しかし、彼らを驚かせたのは「マスクドライダー計画」と書かれた何冊ものファイルだった。
その中の「No.１　1971年４月３日〜」と書かれた一冊を手に取った加賀美は愕然とする。
中には「戦いの神、ガタックに選ばれし人、加賀美新」とあったからだ。
35年も前になぜガタックが、なぜ加賀美の名前が…？

奥から聞こえてきた不気味なうなり声に誘われるように、ひよりを残してさらに先へと進んだ天道と加賀美。
しかし、なかなか開かない扉に苦戦していると、ザビーとシャドウが乱入してくる。
彼らとの衝突を避けた天道と加賀美は退却するが、そのとき加賀美はファイルを取り落としてしまう。

変身を解除した影山（内山眞人）は加賀美が落としたファイルを拾うとするが、突然現れた三島（弓削智久）が燃えるファイルを踏みつける。
「お前には関係ない」。
すべてはまた謎の闇へと葬られるが、扉の置くでは鎖で拘束された謎の男がなおもうなり声をあげていた…。

ZECTとは、マスクドライダー計画とは？
深まる謎に危機感を覚えた天道は、スーツに身を固めると刑事として警視庁へと潜入。クロックアップで銀行に篭城する犯人を捕まえると、お世辞などを使い巧に上層部に近づいていく。

渋谷廃墟へ入っても、結局何もわからなかった。
両親を殺したベルトの少年は天道なのか？
心の迷いから抜け出ることができず苦しむひよりに、天道は帰す言葉もなく辛い表情を見せるだけだ。
と、そこへジェノミアスワームが現れ、天道はカブトに変身。ひよりを逃がし…。

加賀美は岬に手伝ってもらい、田所になりすましZECTの中枢部へ潜入しようとする。
しかし、簡単に見破られると、あっという間にゼクトルーパーに包囲されてしまう。
「邪魔をするな！」。
加賀美はガタックに変身。打ち込まれる銃弾をすべて真っ二つに切り裂き、前へと進もうとするが…。

そのころ岬に擬態したワームが樹花（奥村夏未）に近づいてきた。
親しげな擬態・岬に心を許した樹花はいっしょにプールへ行ってしまう。
擬態・岬のやさしい言葉に誘われ、岬のもとへと泳いでいく樹花。
そんな樹花を見つめる擬態・岬の目にふっと殺意がよぎった瞬間、突如剣（山本裕典）間に割って入る。
「お前は神代剣」。
擬態・岬の言葉に剣は…。

三島の命令でワームだという女性・麗奈（三輪ひとみ）を探していた影山は、逆に自ら姿を現した麗奈から挑発される。
影山がザビーに変身、麗奈もウカワームとなって戦うが、ザビーはウカワームの圧倒的なパワーに追い込まれてしまう。
偶然通りかかった大介（加藤和樹）はドレイクゼクターに促されるようにドレイクに変身。心ならずもザビーの助太刀をする。
しかし、ウカワームのパワーは思いのほか強大。２人でかかってもひるむことなく攻撃を加えてくる。

一方、天道は警視庁のトップ、警視総監と対面する。
その警視総監こそ、加賀美の父・陸（本田博太郎）だった。
「35年前の招待リストに名前を書いたのはあんたか？」。
厳しい態度で陸に迫る天道。
「ほう、何の招待リストかな？」。

天道、加賀美、影山、大介…。
マスクドライダーシステムに翻弄される男たちは、それぞれの形で謎に近づこうとして…。

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脚本・米村正二
監督・長石多可男
アクション監督・宮崎剛