最後の戦いが終わり、大天空寺にも平和な日常が戻ってきた。タケル（西銘駿）は高校に復学、家庭教師役のアカリ（大沢ひかる）の厳しい指導に弱音を吐きつつも生きていることの幸せをかみしめる。

　そんな折、少年を襲う謎の仮面ライダーが現れた！マコト（山本涼介）とアラン（磯村勇斗）はスペクター、ネクロムに変身。少年を助けるが、なぜか少年は「天空寺タケル」とつぶやき、大天空寺にやってくる。少年は一体何者で、なぜ大天空寺にやってきたのか。そしてタケルらの“未来に繋げたい想い”とは――。