開局５０周年を迎えた２００８年・・・テレビ朝日が平和への祈りを込めて贈るスペシャルドキュメンタリー。
戦争が生み出した「原子爆弾」。
しかし、人生そのものをも焼き尽くした悪魔の兵器ゆえ、多くの真実は悲しみの中に封印され続けた。
６３年前のあの夏、キノコ雲の上と下でいったい何が起こっていたのか？
原爆の記憶が風化していく中、半世紀以上の時を経て「最後の生き証人」たちがついに重い口を開いた。
明らかになる驚愕の真実の数々。
そこには「原爆」に翻弄された若者たちの人生があった。
番組では、３人の若者がたどった数奇な運命を、新たに発掘した機密文書や大迫力のＣＧ、本物の爆撃機Ｂ２９を使った再現ドラマで描いていく。
２１世紀の子供達に語り継がなくてはならない、昭和史から置き去りにされた「原爆の真実」。
それは、今を生きる人々にも語り継いでいかなければならない「平和へのメッセージ」でもある。

広島・長崎を始めとする日本各地とアメリカを舞台にした３つのストーリーは、ドキュメンタリーとドラマで構成。
そして、それぞれのストーリーを繋ぐのは、番組ナビゲーターの中井貴一。
ストーリーの鍵となる当時の写真や映像を映し出したバーチャルスタジオで番組の世界に誘い、さらにはひそかに眠っていた原爆の証拠品や物語の主人公となる人物の残した手紙などを紹介することで、「原爆の真実」により迫っていく。