高級外車を乗り回し、「患者を救う」という本来の目的を見失ってしまい、自分たちのことしか考えない医師たちのせいで慢性的な赤字経営に悩む堂上総合病院。そこへ一人の外科医がやって来た。彼の名前は相良浩介（沢村一樹）。
12年間勤めた大学病院を辞め、１年間休んだ後に復職したという彼は「給料は自分の仕事ぶりを見てから上げてくれればいい」と赴任早々、院長である堂上たまき（野際陽子）に宣言する。

赴任早々、難しいオペを鮮やかな手さばきで成功させた相良（沢村一樹）。しかし、人当たりの良い笑顔とは裏腹に、患者を利用して年棒をつり上げた金の亡者と院内ではもっぱらの噂になっていた。
そんな折、相良は院長のたまき（野際陽子）に夜間救急の積極的な受け入れを提案する。

自分が裏から手を回して転職話を潰したことを伏せたまま、偶然を装って失業中の和枝（伊藤蘭）に近づく相良（沢村一樹）。彼はたまき（野際陽子）に「総合診療科」を新たに設立し、和枝を責任者として迎え入れることを提案。
そんなある日、一人の女性が病院を訪れる。病名は「腹膜偽粘液腫（ふくまくぎねんえきしゅ）」。その病気は100万人に1人の難病だった。相良は森山（高嶋政伸）に執刀医を依頼。しかし、森山は相良が何か企んでいると主張する。

ある日、激しい腹痛を訴えた一人の男性・野々村（浅野和之）が搬送されてくる。同じ頃、腹部に痛みを感じる中学生・俊（西山潤）が病院を訪れ、和枝（伊藤蘭）は胆のう炎と診断。二人は同室になるが、野々村がホームレスであることを知った俊の母親は息子を別の部屋に移すよう訴える。しかし、相良（沢村一樹）は「その必要はない」と却下する。

ある日、急性膵（すい）炎を発症した坂口（鶴見辰吾）が手術のために入院してくる。広告代理店で働く彼は妻と高校生の娘の３人家族。個室の病室には行きつけの料理店から花が所狭しと届いていたが、妻の貴子はどこか他人事のような表情だ。
坂口を担当する亜美（黒川智花）は担当医の佐々井（正名僕蔵）に、坂口の退院を急がず術後のケアを検討した方がよいと提案するが一蹴される。

ある日、相良（沢村一樹）は浜岡ゆき乃（加藤貴子）という患者の胆嚢（のう）摘出手術を行う。その様子を見学室から興味深く見つめていたのは医療専門誌・編集者の糸川（近江谷太朗）。彼は同誌で「日本のスーパー外科医100人」を選出するべく堂上総合病院を訪れていたのだ。もし誰か選ばれれば病院の大きな宣伝になると色めき立つ桃井（小野武彦）とたまき（野際陽子）。相良は糸川に、「森山先生も立派なドクターですよ」と推薦。さらに相良は森山（高嶋政伸）たちに糸川の他にもスタッフ数名が引き続き覆面取材をしていると話す。それを聞いた森山たちは……。

ある日、堂上総合病院に重度の肝硬変を患った10歳の少年・光太郎（澁谷武尊）が入院してくる。これまで大学病院などで治療を受けてきたがどこもお手上げで、このまま症状が進めば肝機能が低下し死に至る可能性はかなり高い。そこで相良（沢村一樹）は生体肝移植手術を提案するが、森山（高嶋政伸）たちから猛反対される。

ステージ２の胃がんが発覚した相良（沢村一樹）は、その手術を森山（高嶋政伸）に依頼する。森山の腕を信じて自分の命を託す相良だったが、森山は相良を救うべきか否か、葛藤する。「相良さえいなくなれば堂上総合病院は自分のものになる」という気持ちから、揺れ動く森山。そしてついに運命の手術の日を迎え…？