仮面ライダーアマゾンの世界。
　街を歩く士（井上正大）、ユウスケ（村井良大）、夏海（森カンナ）が目にしたのは、「イーッ！」と右手をあげて挨拶を交わす人々の姿だった。
「大ショッカーは俺達の敵ですよ」。
　そんなユウスケの言葉に一人の主婦が反応。反乱分子として捕らえられそうになる。
　と、そこへ一人の青年アマゾン（エンリケ）が現れ、仮面ライダーアマゾンに変身。士らを庇うように大ショッカーの怪人たちと戦う。
　もちろん士もディケイドに変身。アマゾンと怪人たちを追いつめるが、街の人たちが怪人を庇いディケイドたちの前に立ちはだかった。
　人間を相手に戦うわけにはいかない。ディケイドらはその場から逃れる。

　一緒に戦えるライダーと出会えたことを喜ぶアマゾン。それにしても人間たちが大ショッカーとは…。突如現れた大樹（戸谷公人）によると、十面鬼率いるゲドンが大ショッカーと手を組み世界征服のため、ライダー＝悪、大ショッカー＝善という思想を人々にたたき込んだのだという。
　そんな大樹はガガの腕輪が狙いだとか。ガガの腕輪とはいったい…？

　ショッカースクールで表彰されたマサヒコ（武井証）が十面鬼に呼びつけられ、アマゾンのアジトを突き止めろという指令を与えられる。子供には甘いアマゾンの心の隙を突けというのだが、卑怯な手段を好まないマサヒコはためらう。それでもガイ（川原和久）に丸めこまれ、アマゾンに接近することに。アマゾンがつけているギギの腕輪を狙う十面鬼とガイ。十面鬼が持つガガの腕輪とギギの腕輪がそろえば…。

　街の人々に追われる士らが戦闘員に襲われるマサヒコを発見した。マサヒコを救出したアマゾンはケガの治療のため、マサヒコをアジト＝光写真館へ連れ帰る。まんまとマサヒコのワナにはまってしまったアマゾン。さっそく現れた十面鬼の攻撃を受けるが、ガイはマサヒコともどもアマゾンをなき者にしようとする。
　アマゾン、士はそれぞれアマゾン、ディケイドに変身。アポロガイストらと戦うが、アポロガイストが放った一撃がマサヒコめがけて飛んでいく。
「マサヒコ君！」。
　身を挺して庇ったアマゾンは変身を解除。難を逃れたマサヒコだが、なんと傷ついたアマゾンからギギの腕輪を奪っていく。あくまでも大ショッカーを信じるマサヒコにアマゾンは心身ともに深く傷つき…。

　一方、ディケイドもアポロガイスト、十面鬼の波状攻撃に為す術もなく追いつめられて…。