ある朝、警視庁特命係の狭い部屋に出勤前の２人を待つ１人の男の姿があった。元警視庁特命係、現警察庁長官官房付の神戸尊（及川光博）。杉下右京（水谷 豊）にとっては懐かしい、そして甲斐 享（成宮寛貴）にとっては見慣れない顔。全ての始まりは「馬に蹴られて男性死亡」と見出しに記された小さな三面記事だった。東京から３００キロ離れた太平洋に浮かぶ鳳凰島という聞き慣れない島で起こった、一見ありふれた事故としか思えない記事。尊が特命係を久々に訪れたのは、その事故を手がかりに特命係をその島に潜入させて、妙な噂の絶えない島の実態を調査させるという、警察庁次長甲斐峯秋（石坂浩二）からの密命を受けたからだった。「確かめてみたくありませんか？」。尊は２人をそそのかし、鳳凰島への経由地となる八丈島行きの航空券２枚をデスクに置いて特命係の部屋を出ていく。
気乗りしないまま、八丈島から小型艇に乗って鳳凰島へと向かう特命係の２人。そこはある実業家（宅麻 伸）が個人所有している島で、島内では元自衛隊員たちが訓練のために共同生活を送っていた。２人を事故現場へと案内する民兵組織のリーダー神室 司（伊原剛志）と高野志摩子（釈 由美子）。右京と享は、表面上は穏やかに、しかし、あからさまに「招かれざる客」として島の人々に迎えられていた。
事故で死亡したのは、島での訓練に一時的に参加していた予備自衛官（※）の会社員だった。当初、事故調査は島へと潜入するための口実に過ぎなかったが、右京は現場の調査で持ち前の嗅覚と洞察力を発揮。それは「事故」ではなく「殺人事件」に違いないとの確信を深め、極秘に鑑識課米沢 守（六角精児）に連絡をとって証拠をつかもうとする。一方、警視庁内も新たな動きを見せ始めていた。峯秋の働きかけによって、捜査一課の伊丹憲一（川原和久）、三浦信輔（大谷亮介）、芹沢慶二（山中崇史）が特命係の後を追って島へと送り込まれることになったのだ。
特命係の２人、捜査一課の３人、そして鑑識課米沢。いつもの面々が島で再会し、事件の鍵を握る決定的な証拠を得て宿舎に戻ろうとした時、迷彩服に身を包んだ男たちが彼らに襲いかかった。そのプロフェッショナルで計算され尽くした襲撃は、島で右京や享が見た訓練中の元自衛隊員たちとは明らかに異なる手法のものだった。６人は成す術もなく布袋をかぶせられ、ヘリコプターで東京へと輸送されていく。
鳳凰島に正体不明の男たちを送り込んだのは防衛省。つまり、彼らを襲ったのは現役の陸上自衛隊の特殊部隊だった！東京に無理矢理運ばれた特命係の２人は、自衛隊が秘密裏に備蓄していた"あるウィルス"が島の謎と関係していることを突き止める。すぐに警視庁のヘリコプターで島に再上陸し、密林の奥地を駆け抜けていく杉下右京と甲斐 享。密林の先で特命係の２人が目にしたものとは？
島では一体何が起きているのか？民兵組織の真の目的とは!?
外界から完全に閉ざされた孤島＝巨大な密室での事故調査は、殺人事件捜査へと変貌し、さらには防衛省、警察庁、国の権力者たちが暗躍する得体の知れない大きな謎の真相究明へと突き進んでいく。最後に明らかになる、世界衝撃の真相に特命係は辿りつけるのか!?